捕蝇草通过种子进行繁殖，属于种子植物。捕蝇草可以自花授粉，但通常得进行人工授粉才确实会结果。
捕蝇草的花开时，并非是雌、雄蕊都是同时成熟的。当花刚开时，其雄蕊已经成熟了，但雌蕊并未成熟，此时替它授粉是没用的。捕蝇草的雌蕊通常比雄蕊慢一天成熟，故正确的做法是等花开的第二天后再进行授粉的工作。我们也可以观察雌蕊的型态来判断是否成熟。未成熟雌蕊末端的柱头是圆的，成熟雌蕊末端的柱头会裂开，像绵絮状；只有成熟的雌蕊才能成功授粉。
若授粉成功，花会在1～2天内凋谢，而子房(雌蕊的基部)会膨大，再过数星期果实就能成熟。捕蝇草的种子呈黑色，水滴状；一个果实通常含有十几粒种子。种子的数量和植株本身的健康、大小有关，健壮的植株通常能结多一点种子。有时候授粉的方法正确，但种子还是结不出来，最大的问题就是捕蝇草不够健壮，或是在开花期间没有持续给予足够的光照，此时就算成功授粉，也难以结出种子。
