故事模式分两种 一个是以初代、赛文、杰克、艾斯、泰罗、雷欧唯一组的 另一个是梦比优斯的。
初代那组的故事剧情都是一样的，按自己的喜好来选择奥特战士。
第一场是击败放电龙艾雷王，击败后会出现地狱星人希波里特星人，把它打败后他会使诈，你会被能量吸收装置罩住，能量被吸收。
糊里糊涂的回到奥特之星后佐菲出现，先要你用普通攻击打他，然后要你发小必杀技，连发两次都发不出来，别担心。
最后一次你发四次小必杀技第四次就发出来了。
接下来，奥特之父会命令你去高哥达行星干掉宇宙忍者巴尔坦星人你干掉一个以后又会出来一个，然后你不管三七二十一就发小必杀技，前往要小心他发大必杀技。
放第四次后，能量会达到中必杀技，最后干掉他就行了。
回到奥特之星后，奥特之父会命令你和兄弟们去太阳系战斗，你会被派到地球。
在市中心第一个敌人是保镖怪兽布莱克王，把他打到红血时能量吸收装置会罩住它把艾雷王的能量交给它，之后你再把他打死。
不要开行的太早，希波里特星人有会出现。为了救你，佐菲会被能量吸收装置罩住，能量被吸收。其能量被加在希波里特星人上。
你肯定打不过他，被打倒红灯时或他达到发大必杀技时，佐菲会爬过来，把他的精神加给你。
然后你就可以干掉他了。
再一次回到奥特之星，除佐菲的奥特兄弟会帮助你进行特殊训练。
每个奥特曼你只要打他三次，他就会把他的精神加给你，以后的每一战你都可以使用。
这一次的训练有五次。练完之后，出现奥特之父被变为青铜像。佐菲走过来会个你一拳。“哥哥你这是干什么？”
你趴在的上说。
接下来你会和佐菲对战（这可不是训练，他会六亲不认得揍你）当你红灯时佐菲回踢你一脚，接下来再过十五秒以后佐菲会离开。
接下来你会在地球煤气公司对战五头独角超兽巴基西姆。干掉后离开。
来到游乐园，看到艾斯被巴基西姆几道。把独角鸡干掉，你去扶起艾斯，艾斯会推开你。
这时疾恶宇宙人帝国星人会出现。对战半分钟后，他会放你回去。 [attach]2118[/attach] 回到奥特之星，再次训练，五次以后应该已有四个精神，大必杀技使用可能。 在神户港与帝国星人对战。开始后使用精神，同时帝国星人也会加能量。
当四次精神用完后，就与之搏斗，大会因抵挡不住导致动作会减慢。
这是你就可以猛揍他了。把他干掉。
佐菲被救回 其他奥特战士得知地球有危险，全部前去战斗。
你会从佐菲那得知艾斯是暗黑星人巴巴尔星人变得，奥特之母叫你快把其他人叫回来。
在忘却的丘其他奥特战士都被变成了青铜像。
你会与宇宙恐龙杰顿对战。战胜它后，艾斯出现。“现出原形吧！巴巴尔星人。”
巴巴尔星人显出了原形，加上了杰顿的能量与你对战。将它击败后异次元人亚波人出现。
他把所有能量都加给了巴巴尔星人使巴巴尔变成了暴走形态。拼了命的把高速能量无限的巴巴尔干掉后。
奥特兄弟们启发光线将亚波人封死。
回到奥特之星后，复出的奥特之父告诉大家究级超兽的出现。
接下来就是梦比优斯剧场里的事情了。
梦比优斯的故事就是接受泰罗教官的训练。
第一次你只要发出大必杀技就行了。接下来你会被命令去与巴基西姆战斗，他会加上三个能量。你失败后会回到奥特之星，然后你会与佐菲、泰罗、雷欧、奥特之父（奥特之父出现后）对战。最后在于泰罗教官对战得到自己的特殊技能。于是你再一次与巴基西姆交战，打一段时间以后他的附加能量会自动消失。“小样！这下你可玩完了！”把它处理掉以后飞向太阳系。 奥特之父使用可能 以初代那组的故事为基础（雷欧无此剧情），第一次特训的时候，打过第一个角色后存盘退出，把PSP的时间往后调3日以上，然后进入读档，打完特训后剧情会有变化，佐菲会出现奥特之父被变成青铜像这是不会发生，到地球后出现暴走巴尔坦星人，战胜它后亚波人出现，带出暴走帝国星人，开始后按R键，奥特之父会出现在天空中教你用屏障将帝国星人的大必杀技当回去，战斗重开，让帝国星人放出大必杀技。“我防”大必杀技会返还给帝国星人，那家伙就挂了。回到奥特之星完成剩下的五次特训。去到地球.............. 最终BOSS是暴走佐菲他的能量长的超快。满了以后他会发大必杀技。你会放出屏障，不过会被弹开，这时佐菲能量和战斗力下降，不过还是很厉害。将它击败后，佐菲会用M87光线射击亚波人。故事结尾与原来相同。尾曲结束后奥特之父使用可能。（大家可以试试宇宙警备队大队长的厉害了）
