首先，两者平台不同。穿越者来自海拉克斯皮卡平台；而普拉多来自4Runner越野车平台。虽然两者都是非承载车身，并且悬架结构也相同，都是前双叉臂独立悬架，后四连杆非独立整体桥，但是避震设定上略有差别，穿越者会偏硬一些，而普拉多则更显坚韧，悬架舒适度更佳，行驶中底盘表现也更有高级感。
第二大不同，是四驱系统，第二代穿越者，由全时四驱改为了分时四驱。而普拉多，只有中国的国产版改用了分时四驱，其他地区版本，无论欧版、日版、澳版还是中东版，都继续采用全时四驱。以可锁止托森中差为核心的全时四驱，是丰田越野技术的精髓所在，从这个层面讲，中东版普拉多的四驱系统，要比穿越者更为高级。
第三大不同，就是车身尺寸，虽然两者都是七座越野车，但穿越者的三围尺寸，都比普拉多略小一些，尤其是车身宽度，比普拉多窄了四公分，因此，车内的横向乘坐空间，也略逊于普拉多，但是，纵向乘坐空间，两者基本是相同的。跟普拉多和汉兰达一样，穿越者的第三排也是临时座椅，只适合短途乘坐。
穿越者和普拉多在动力和耐用性方面还有很多的相同点。动力方面，穿越者所使用的2.7升汽油引擎，跟霸道2700是一样的，都是丰田的2.7升2TR-FE发动机，最大功率和最大扭矩也相同，都是165马力，245牛.米。其他方面的共同点也很多，比如两者的质量可靠性都很高
