独立存放。食用菌大都具有较强的吸附性，要单独贮存，以防串味。
密封贮存。食用菌易氧化变质，可用铁罐、陶瓷缸等密封的容器贮存，容器应内衬食品袋。同时尽量少开容器口，封口时注意排出衬袋内的空气。
避免阳光长时间的照晒，放在通风、透气、干燥、凉爽的地方。干制食用菌一般都容易吸潮、霉变，因此，要保持产品干燥。
食用菌在运输期间既要控制呼吸作用也要保持食用菌正常的新陈代谢，防止发生有害代谢。
多数食用菌，如香菇、平菇、鸡腿菇等，在气温低于15℃时，可用普通车运送，高于15℃时须用冷藏车（1～3℃）运送。
远途销售或出口的鲜菇必须考虑运输所需的时间和商家的销售时间。
香菇保鲜有效期因气温升高而缩短，气温在1℃时可保鲜18天，6℃时可保鲜14天，14℃时可保鲜7天，20℃时可保鲜4天。
而高温菇类草菇，不可低温运输，只能在15～20℃保存和运输。
食用菌运输前的包装和装箱很重要，除真空包装外，普通的包装都应保持一定的透气性，否则，影响其正常代谢，影响产品风味；包装不可过大，尽可能一次包装减少破损；包装箱不可过大，以减少挤压，减少对菇形的破坏；路途要减少颠簸，以免造成菌体破碎；避免高温运输。
