修剪时应当把多余无用的大枝疏除掉，以此来促进树体完成树形的塑造;一方面要对内膛遮光、密生、细弱、交叉、病虫害的枝条疏除掉或进行精细化修剪，以此为保留的枝条营造充足的生长空间;
1、疏剪：花椒修剪的方法有很多，在刚结果初期，通常使用疏剪的方式，主要因为花椒虽然已经结果，但是还在继续上长，所以要及时去除其条枝，一些过密、交叉以及重叠的枝芽也要适当剪掉，让花椒更好的吸收光照，从而更好的生长。
2、短截：短截是较为常用的一种修剪方式，主要是要将花椒树生长过程中过于旺盛、衰老的主枝进行修理，从而减少养分消耗，促进新枝生长。基本上要在主枝三分之二处左右进行短截，保留2~3个主枝让其继续生长即可。
3、整形修剪：当花椒树幼苗定植后要在当年或者第二年进行整形修剪，从基干25-30cm处剪去顶端，以便更多萌发侧枝，使树形更加饱满，生长旺盛。这时树苗较为脆弱，修剪宜以轻剪为主，不进行短截，之后从基部萌发的枝条保留5~7个，其余全部剪去。
4、老树修剪：花椒树生长到25年之后，就会进行到衰老期，此时修剪植株是为了延长树的寿命，要把弱枝、垂枝和枯枝
