影响:
一， 文官集团的“傲骨”，皇权受到了极大的挑战
万历十一年，紫禁城里降生了一个男婴，他就是万历皇帝的长子朱常洛，可是似乎皇帝对这个长子一点也不喜爱。直至万历十四年，这个关于如何定义这个皇子的地位，引发了一场皇权和文官集团之间持续了长达三十余年之久的博弈，这也就是国本之争。
万历皇帝想立为太子的是和自己所喜爱的郑贵妃所生的孩子朱常洵，而不是一时临幸宫女王氏所生下来的长子朱常洛。
自古以来，中国便是嫡长子继承制，而万历皇帝想要废长立幼，无疑是向这一祖制和传统发起了挑战，自然不能被受儒家经典熏陶和程朱理学影响的文官集团所接受。明朝时期程朱理学被推上了顶峰，而程朱理学极力强调的便是，臣子气节，品行兼修。再将忠君爱国，仁义礼智信等道德的规范加以融入，读书人受到其影响，便都会有一种，国家兴亡，在我一身的感觉。
他们会有着极为强大的社会，历史责任感，面对强权他们也会敢于说出真实的话语。哪怕他们所面对的人是皇帝。因此，他们认为皇帝的这种行为完全违背了传统和祖训，作为饱读圣贤书的人，他们有义务“规劝”皇帝回到他们认为正确的轨道上来。而正因为这样，皇权和文官集团之间的矛盾日益加剧。
二， 万历皇帝厌倦朝政，从此不在上朝听政
三， 缺少皇权的制约，朝政失控党派丛生，大明最大的危机产生
在万历皇帝怠政后，本就不太明朗的朝局和政党，因为失去了皇权的制约开始了，文官集团内部开始分化。在争国本一事上面，文官集团一同向皇权发起了挑战，但是在万历皇帝选择了怠政后，他们因为没有了共同的挑战目标，文官集团开始为了各自政党的权益开始分化。
最为著名的便是在国本之争中，内阁大学士顾宪成受到波及被革职返乡，从而置办学院开始讲学，这也是后世鼎鼎大名的东林学院，而前来听讲的学生，均以抨击时政的弊端，要求广开言路为自身的目标。是为东林党，而东林党的攻击目标多为其他各种与自己意见相左的其他政党，自此明末的党政也就此拉开了序幕，大明王朝的元气便在这种不断地内耗中完全的流逝着。
再加上万历皇帝的怠政，司礼监的权力逐渐的变大，太监又一次掌握了朝政大权。而那些被东林党所打压的，浙党，楚党，齐党等一一依附到宦官集团的头上，从而形成了一个臭名昭著的政治党派：阉党。
从上述三点可以看出，国本之争给大明带来的影响无异于一次多米诺骨牌效应，文官集团看似从伦理道德的高点制约了皇权，但是随后缺少了皇权的制衡，文官集团的为了各自的利益产生内耗就显得无法避免。大明王朝的朝政就此陷入了一片混乱，这种影响从朝堂开始逐步影响到了，军事，民生等各个方面，从而加速了大明的灭亡。
万历立国本之争产生了深远的影响。
首先是造成皇权事实上的下降。明神宗不理朝政，以至于最后对内阁、地方官员的缺官现象视而不见，给晚明政治的正常运行造成极大的破坏，而他又大兴敛财之道，派矿监、税监为害百姓，以致激起民变。
其次，国本之争是明末形成了党争的重要原因之一。出现宣、昆、齐、楚、浙五党和东林党两大派明争暗斗，之后东林党又与阉党斗争的局面。
再次，明神宗希望大权独揽，而又放任缺官不补，使得内阁势力被削弱；明神宗近三十年长居深宫不理朝政，司礼监因拥有“批红”的权利，在这种特殊的情况下地位自然会有所上升；因明神宗对郑贵妃的宠爱，此时外戚的实力也得到了发展，而且出现内监以郑贵妃为内主的现象；皇帝怠政昏聩，廷臣党争攻讦，政府机构涣散，此时言官因对朝政的不满争相上疏，抨击时政，实力也得到提高；而地方上仕途不再是衡量人生价值的唯一标准，出现了“山人”群体，之后又有了东林书院，文人关注时政，最后有东林党之称，万历末年的民变，乃至最后后金的兴起，又代表了地方势力的崛起。
“国本之争”，决定了万历以后明朝政治的走向，在一定程度上加剧了党争的形成，甚至加速了明朝的灭亡，是晚明最具影响的政治事件之一。
