2001年起至2011年8月，在对鹦哥岭自然保护区的生物多样性调查中，鱼类专家们根据实地调查结果，结合文献资料，记录到纯淡水鱼类7目20科61属76种，其中有17个海南特有种(即全世界仅海南分布)，该地区淡水鱼类占海南已知纯淡水鱼类的71.7%，这证明了该地区淡水鱼类物种丰富度极高。
海南省只有国家重点保护淡水鱼类1种，它是花鳗鲡，国家级保护野生动物，目前已被列入中国濒危动物红皮书濒危、《中国物种红色名录》濒危。 除了花鳗鲡，当地还有海南异鱲、保亭近腹吸鳅、海南长臀鮠等5种被列入《中国濒危动物红皮书》的濒危鱼类，在对当地进行考察时，专家们曾记录到南方波鱼、瑶山鲤、疏斑小鲃、光倒刺鲃、厚唇光唇鱼、海南墨头鱼等珍稀物种。
