畜禽粪便不经过发酵处理直接当肥料使用会有很多的危害，具体表现在：
发酵烧苗：没有发酵的生粪施到地里后，当发酵条件具备时，生粪便开始发酵，若发酵部位距根较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
毒气危害：在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。
土壤缺氧：有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
肥效缓慢：未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
所以，畜禽粪便不能直接使用，必须经过发酵处理
