1.科属不同
黄花菜，又名金针菜、柠檬萱草，忘忧草，属百合目，百合科多年生草本植物。
石蒜，别称蟑螂花、老鸦蒜、龙爪花、红花石蒜、山乌毒，为百合目石蒜科石蒜属植物。
2.形态特征不同
黄花菜，摺叶萱草多年生草本，高30~65厘米。根簇生，肉质，根端膨大成纺锤形。叶基生，狭长带状；花茎自叶腋抽出，茎顶分枝开花，有花数朵，大，橙黄色，漏斗形，花被6裂。蒴果，革质，椭圆形。种子黑色光亮。植株一般较高大；根近肉质，中下部常有纺锤状膨大。花葶长短不一，一般稍长于叶，基部三棱形，上部多少圆柱形，有分枝；苞片披针形；花梗较短；花多朵，最多可达100朵以上；花被淡黄色，有时在花蕾时顶端带黑紫色；蒴果钝三棱状椭圆形，黑色，有棱，从开花到种子成熟需40-60天。花果期5-9月。
石蒜是多年生草本植物，鳞茎近球形。秋季出叶，叶狭带状，顶端钝，深绿色，中间有粉绿色带。花茎高约30厘米；总苞片2枚，披针形；伞形花序有花4-7朵，花鲜红色；花被裂片狭倒披针形，强度皱缩和反卷，花被简绿色；雄蕊显著伸出于花被外，比花被长1倍左右。花期8-9月，果期10月。
