秸秆的发酵技术可利用微生物。加入微生物后的秸秆料，是指一种含有益于作物生长的发酵微生物的特定有机肥料，它既具有微生物肥料的功效，又具有有机肥料的作用。应用于农业生产中，具有显著的增产效果。方法是将放线菌、乳酸菌、芽孢杆菌、光合细菌、酵母菌等单一菌种经特殊工艺研制而成的高效复合微生物菌液假如秸秆中。
有效活菌数大于200亿，它可快速腐熟植物茎叶，释放肥料中的热量，预防烧根现象的发生，同时，通过微生物分解，将不容易被植物吸收的大分子分解为较易吸收的小分子元素，提高肥效利用。同时，堆肥过程可杀死肥料中的虫卵、寄生虫、草籽等。密封等待3个月秸秆即发酵成功。
