燃料电池的缺点主要有以下几点：
1、成本高
特别是初期建制成本，还是高于发电机，所以难以推广。另外，目前质子交换膜燃料电池是最有发展前途的燃料电池之一，但质子交换膜燃料电池需要用贵金属铂（Pt）作为催化剂，这也会导致成本居高不下。
2、技术瓶颈
氢燃料电池面临的降低使用成本，使用寿命有待延长，冷启动困难等技术障碍
3安全性门槛高
目前，不论是液态氢、气态氢、储氢金属储存的氢，还有碳水化合物经过重整后转换的氢是燃料电池的唯一燃料。氢气的产生、储存、保管、运输和灌装或重整，都比较复杂，对安全性要求很高
4推广应用，配套建设，都尚处于起步阶段
