噶尔丹的妻子是阿努可敦，他还有两位妃子是阿海两姐妹。他一生只有两个儿子，分别是色布腾巴尔珠尔和车凌三鲁普。噶尔丹被康熙打败之后便和妻子阿努逃到科尔沁草原，但是后来噶尔丹被子侄出卖并且被杀死后，他的儿子们就被他的子侄送往清朝听从康熙大帝发落。古代交通不便而且他的儿子们都是待罪之身所以在押解的路上待遇不是很好。
他的儿子车凌三鲁普便不幸在去往清朝的路上得了天花不治身亡了，而他另一个儿子色布腾巴尔珠尔到达北京后，没有被康熙处死，后来他还做了一名清朝的侍卫，虽然已经不是高高在上的汗王之子但是色布腾巴尔珠尔最后还是活了下来。
是阿密达
电视剧《康熙王朝》阿密达（噶尔丹与蓝齐儿的儿子）并没有说明如何死亡的，只是说其母亲蓝齐儿选择与儿子在一起，永远留在了草原上。
而在历史上，康熙皇帝根本就没有把自己的女儿嫁给噶尔丹，且其妻子为阿努可敦、阿海可敦、布凌可敦；儿子：色布腾巴尔珠尔（阿努所出，1696年被哈密俘获，解送清朝，封一等侍卫）、车凌三鲁普（布凌所出，噶尔丹死后降清，入京途中死于天花），所以也并不存在阿密达死亡的说法。
