土木之变后的瓦剌，之所以迅速衰亡，是因为得不到大明的经济支持，加上内部的矛盾，才走向了分崩之路。
之后，瓦剌部落各自发展，一直到了清朝时期，瓦剌部才重新崛起，只是他们的名字不再是瓦剌，变成了准噶尔。
瓦刺国是因为准噶尔汗国军队发动突然袭击，南下翻越昆仑山脉，攻入拉萨，杀死了和硕特汗国最后一任君主拉藏汗，和硕特汗国灭亡。1718年清朝由青海出兵入藏，全军覆没；1720年，清朝第二次出兵，赶走准噶尔军，清朝在拉萨设立驻藏大臣。
内部矛盾开始激化。脱脱不花汗试图摆脱傀儡地位，他不立与也先姐所生的儿子为太子，另立他子。脱脱不花汗与也先之间的矛盾激化。也先拉拢和利用脱脱不花汗弟阿噶巴尔津济农，向他许诺打败脱脱不花汗后让其即位，邀其共击脱脱不花汗。景泰二年底，脱脱不花汗率先出兵征讨也先，中途而返，也先和阿噶巴尔津济农追击，打败脱脱不花汗，脱脱不花汗率数十人逃走，也先尽收其妻妾、太子及部属。脱脱不花汗逃至兀良哈地方，被其已休前妻之父沙不丹（清代译为彻卜登）擒杀。也先随后诱杀阿噶巴尔津济农，“凡故元头目苗裔无不见杀。”
后来瓦剌部落分散，逐渐衰落，内部事态鲜为人所知。但对外则西侵谢米列契地，并沿锡尔河洗劫了塔什干等城；向东争夺哈密，一度攻入肃州城，以求开拓东西方通道。一部分瓦剌人则向青海、甘州等地陆续转移。也先之后约一百五十年，哈剌忽喇兴起。
