1、育苗时开始使用
提前一天，浸种十五分钟至半个小时，然后阴凉处晾干。提前一二天，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定殖繁殖生长。覆盖薄膜，以免杂菌混入。
微生物肥料越早使用越好，为什么这样说呢？因为微生物肥料当中含有的有益菌，可以促进土壤中有益菌的繁殖，抑制杂菌的生长，对土壤的理化性质起到很好的改善作用，并且能够改善土壤因长期使用化肥而造成的板结、酸化、盐渍化等一系列问题。
另外，微生物菌肥还能提高作物的抗逆能力，提高作物抗病虫害能力。所以在育苗期就开始使用生物菌肥，对作物的病虫害可以起到很好的预防的作用，间接减少因病虫害而造成的经济损失。
2、定植期穴施或沟施
在定植期，以穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。
