1、科属不同
三叶草属于多年生草本植物，是多种拥有三出指状复叶的草本植物的统称，主要包括车轴草属、苜蓿属和酢浆草属，而金花菜属于豆科植物，又叫黄花苜蓿、刺苜蓿、草头等。
2、茎干不同
三叶草的主根短，侧根和须根发达，茎匍匐蔓生，上部稍上升，节上生根，且全株无毛，而金花菜的茎为基部斜生，上部直立，高约30-80厘米。
3、叶子不同
三叶草的叶子为卵状披针形，叶柄较长，小叶则为倒卵形近圆形，叶片边缘分叉并延伸达锯齿齿间，而金花菜的叶子为宽倒卵形，先端钝圆或稍凹，叶面为绿色，背面稍带白色。
4、花朵不同
三叶草的总花梗极长，花朵密集无总苞片，花冠为顶生，呈现白色、乳黄色或淡红色，散发淡淡香气，而金花菜的总状花序长7-8毫米，每个花序上生黄色小花，花冠为蝶形。
三叶草：是多种拥有三出指状复叶的草本植物的通称，主要包括三类：豆科的车轴草属(被认为是最正宗的三叶草)和苜蓿属、酢浆草科的酢浆草属中的某些种类。在西方很多国家三叶草代表着幸运，因为它被认为是只有在伊甸园中才有的植物。金花菜原名南苜蔌，属豆科植物。
