网上值机时所有座位都不能选的原因可能有以下可能性：
舱位权限问题：一般来说，经济舱不可选超经或更高舱位，所以其他舱位不可选；
座位特殊情况：第一排座位、紧急出口位置大部分网上不可选，需要身体健康，年龄符合要求并到柜台办理，部分情况下会要求选择紧急出口的乘客阅读紧急出口座位相关须知并签字。需要注意的是，国航大小飞机公务舱第一排通常都会上锁，如需选择只能去柜台；
预留座位/一人n座：大部分航司都开通了App/电话预留座位，效果就是该座位上锁只提供给特定人选择；其他部分航司提供了一人n座服务，即加钱可保证边上座位无人，其效果也是将特定座位上锁不让人选；
座椅故障：如果明确某个座椅有问题无法使用，该座位也可能会上锁，并在航班备注提示XXX座椅故障不建议分配。本人也遇到过选到坏掉的座椅（值机时候看上去就一正常座位），然后因为满员“被迫”升舱的故事。
航司原因：某些航空公司可能有其特殊限制或要求，这些因素也会影响座位的可选项。
总之，网上值机时无法选择所有座位可能有以上原因。为了确保顺利乘机，建议提前了解航空公司的规定和要求，以便更好地规划出行。
