1、东京港
东京港作为首都圈地区与国内、海外各地运输的节点，其腹地为拥有3000万人口的东京圈及其周边的关东北部、甲信越等广大地区。拥有海域面积5453 公顷，陆域面积1080公顷，内外贸码头共计24个，泊位总数为115个，其中集装箱码头4个，集装箱泊位16个。
2、横滨港
横滨港，位于日本本州中部东京湾西岸，仅次于东京、大阪，是日本的第三大城市，面积435平方千米，1993年人口已达330万人。是日本最大的海港，也是亚洲最大的港口之一。横滨地理环境北、西、南三面为丘陵环绕，东面为太平洋。
3、名古屋港
名古屋港（Port of Nagoya），是横跨日本爱知县名古屋市、东海市、知多市、弥富市、海部郡、飞岛村的一个港湾，是日本最大的国际贸易港口之一。由于著名的丰田汽车公司的总部位于爱知县内，故该港主要的输出产品中有一半以上都与汽车相关。
名古屋港作为日本的五大国际贸易港之一，2004年被指定为中枢国际港湾（指定特定重要港湾）。目前，货物总吞吐量为2亿824万吨，是日本国内唯一超过2亿吨的港口，从平成14年至今，连续12年位居日本全国第一。
4、大阪港
大阪港位于日本（全称：日本国JAPAN）本州（HONSHU）西南沿海的中岛川（NAKAZIMA KAWA）与大和川（YAMATO KAWA）河口之间，濒临大阪湾的东北侧，是日本五大集装箱港口之一。该港自古以来就是京都的海上门户，市内河道纵横，有"水都"之称。
现为阪神工业区之核心，轻重工业综合发展，其工业产值仅次于东京，居日本第二位。主要工业有石油化工、钢铁、金属加工、运输机械及电机等。
5、神户港
神户港是日本兵库县神户市的特定重要港湾。为日本主要的国际贸易港(五大港)之一，与大阪港同样被指定成超级中枢港湾。在1868年1月1日时开港。现在也是日本三大旅客港之一。
