首先要看你们单位各部门之间内部的流动性是不是很大，如果流动性不是很大就使用流水编号，如果流动性较大的话，我个人建议有两种：
1、流水编号，各部门的编号使用不同颜色；
2、流水编号，编号开头使用部门名称的缩写；
以上两种办法，都使用流水编号，内部调动的话，把颜色或者是部门编号修改一下即可，后面的编号不需改动；辞职人员的编号有新进人员顶替（把流动性不是很大的员工排在前位）。
我个人的经验，不是很丰富，希望对你有所帮助。
员工档案编号，参考方法如下：
年份+月份+当月内排号+性别（男1，女2）
如：甲是2013年12月3日来的，且是12月第一个来的，男性，那编号就是13 12 001 1；
乙是2013年12月5日来的，且是12月第二个来的，女性，那编号就是13 12 002 2；
这样，从编号里就可以看出他是哪年，几月份来的，男性还是女性。
工号，档案号，指纹号最好统一。
每位员工进入公司都应有一个号码，通常叫工号，就像身份证，这个号码都是唯一的，不管他在哪个部门，都不会改变。如果因为调部门就换个编号，人数以多，就会造成混乱。
