虽然爱因斯坦没有直接参与原子弹的研制，但是很多人认为是爱因斯坦的理论指导了原子弹的发明。1939年，受到德国迫害的爱因斯坦给美国总统罗斯福写信，建议加强利用核裂变过程来制造超级炸弹，这就是原子弹的初步设想。罗斯福就采取了爱因斯坦等科学家的建议，建立了研制原子武器的实验室。
1942年，美国开始实施“曼哈顿工程”，这个工程就是专门研制原子弹，一大批知名科学家在这个工程里面工作，比如费米、费曼、玻儿、卡门等，奥本海默是领导。该计划投资25亿美元，动用10多万科技人员和工人，在绝对保密的情况下加紧研制。于是，史上最厉害的核武器诞生了。
到1945年7月，美国共研制了3枚原子弹。7月16日，世界第一颗原子弹“大男孩”试验成功，尽管在爱因斯坦等科学家的阻止下，美国依旧在8月6日和9日先后向日本的广岛、长崎投下了剩下2枚原子弹，代号“小男孩”和“胖子”。
事后，爱因斯坦和奥本海默等科学家都非常后悔，陷入深深自责之中，他们觉得自己是帮凶。
