史书记载，镇远古称“竖眼大田溪洞”，属“鬼方”。从夏到商， 世居着荆、梁二州的西南，称“荆蛮”。追本溯源，古代的镇远，地处历史上“五溪蛮”和“百越人”聚居的结合部。
宋宝佑六年（公元1258年）十一月筑黄平城，赐名镇远州，为镇远之名的开始。
德祐元年（公元1275年）置镇远沿边溪洞招讨使司。元至元二十年（公元1283年）改沿边溪洞招讨司为总管府，至正二年（公元1365年）为府。
明洪武四年（公元1371年）改为州，永乐十一年（公元1412年）为镇远府，正统三年（1438年）五月革镇远州，弘治十一年（公元1446年）置镇远县，隶镇远府，万历二十九年（公元1601年）改镇远卫。
清康熙二十二年（公元1683年）将卫并入县。
宣统元年（公元1909年）省县，以其地为府直辖，1913年恢复置县。镇远素有“滇楚锁钥，黔东门户”之称，史书云：欲据滇楚，必占镇远；欲通云贵，先守镇远。因地处交通要道，地势险要，据之非常重要，故名。镇远之名始于此。
镇远是座历史悠久的苗乡古城。西汉时属武陵郡。汉高祖五年始设沅阳县。隋、唐置梓姜县。宋高祖绍兴元年置镇远州。元世祖至元十八年，置镇远沿边溪洞招讨司，后改为军民总管府。明洪武五年改置镇远州，隶属湖广。永乐十一年置镇远府，隶属贵州。清袭明制。民国初，置镇远道。
1949年11月8日镇远解放，为镇远专员公署驻地。
1956年建立黔东南苗族侗族自治州，镇远为自治州首府。
1958年州府迁往凯里，改镇远为县。
1986年被国务院列为国家历史文化名城。
