酵母菌发酵原理是酵母菌进行无氧呼吸产生乳酸，酵母菌分解葡萄糖产生丙酮酸，丙酮酸在缺氧和微酸性的条件下，转变成酒精，产物是酒精。酵母菌含有多种酶，例如淀粉酶。发酵时，淀粉酶先使面粉中的淀粉变成糖分，然后使糖生成二氧化碳。
二氧化碳在蒸馒头时受热膨胀，结果在馒头里留下了许多小孔，同时还产生出少量的酒精和酯类挥发酸等，因此吃起来十分松软可口。酵母菌对馒头的发酵起着决定的作用，但要注意使用量。如果用量过多，面团中产气量增多，面团内的气孔壁迅速变薄，短时间内面团持气性很好，但时间延长后，面团很快成熟过度，持气性会变劣。
