一、根本原因：
1、农民阶级的局限性
农民阶级有先天局限。太平天国起义带有旧式农民战争的烙印。农民阶级的分散性、守旧性，以及眼光短浅等毛病，在太平军中都有突出表现。
2、腐败严重
腐败从根本上动摇了太平天国政权的根基。太平天国的腐败是和建都天京同时产生的。尽管洪秀全曾经提出要建立一个没有以强凌弱、尔虞我诈的公平世界，鼓吹凡天下男人皆兄弟、天下女子皆姊妹的平等思想，但他这些从西方基督教教义中捡来的货色，在洪秀全思想中没有深化，也没有消化。
洪秀全很难把这些平等思想付诸实践，只能按照封建王朝的等级制度，即《太平礼制》所规定的等级来规定自己所应该享受的待遇和特权。
二、客观原因：清政府和外国侵略者互相勾结起来，残酷镇压太平天国、丧失斗志和指挥失误等
太平天国革命战争时期,农民阶级与地主阶级的生死大搏斗,在意识形态的领域内反映为太平天国的革命思潮与以曾国藩为代表的封建反动思想的激烈斗争.这种斗争在反儒和尊儒的问题上表现得异常集中和尖锐。
狭隘的宗教信条还使太平军失去了很多的盟友和同盟任其孤立无援，终至败亡。导致，各支农民起义军分别被清军镇压。
