二者的主要区别是如下几点：
第一、 纯净水和去离子水遵循的标准不一样：其中纯净水执行的是国标GB17323－1998；而去离子水执行的是GB/T1146.1-1997。
第二、 纯净水和去离子水的加工方法不一样：其中纯净水是通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得而成；而去离子水是通过离子交换树脂除去水中的离子态杂质而得。
纯净水，是纯洁、干净，不含有杂质或细菌的水，是以符合生活饮用水卫生标准的水为原水，通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得而成，密封于容器内，且不含任何添加物，无色透明，可直接饮用。
去离子水是指除去了呈离子形式杂质后的纯水。主要用于工业，容易引起细菌的繁殖，不建议直接饮用。
