《千秋》的故事大致可分为三部分。
一、沈峤落难，被晏无师所救
乱世之秋，沈峤带领的玄都教隐世而居，后被突厥人上门挑衅，因被自家师弟里应外合被下毒，导致对战之日不敌，从山峰跌落，武功尽失，眼睛还看不见了。碰巧晏无师出关，看到了摔落山底的沈峤。晏无师了解了事情原委后，打算救活这位所谓名门正派的掌门，然后打算让沈峤入魔，再报复回去。
但沈峤注定要让晏无师失望了，不管是同门师弟的背叛，还是所救之人恩将仇报，沈峤仍旧以一颗温柔善良之心对待他人。最后晏无师把沈峤送给了邪教的人，想看沈峤绝望之下是否会入魔。
结果沈峤刚烈，打算和邪教之人同归于尽，没想到因祸得福，置之死地而后生，因修炼秘籍的原因，竟然死然后生，武功慢慢恢复不说，眼睛也慢慢变好了。
二、晏无师遇难，沈峤出手相助
当沈峤武功慢慢恢复后，晏无师那边竟因为得罪人太多，被江湖高手合力围剿，导致晏无师被开瓢，当场倒地。虽然晏无师对沈峤不好，但晏无师能让这乱世统一，让百姓不再易子而食，所以沈峤打算救晏无师。
沈峤带着晏无师躲避众人追捕，这时候的晏无师冒出了多重人格，有的良善，有的话多，有的天真，不像以前的晏无师冷血无情。沈峤并没有以前的事情怨恨晏无师，也没有打算偷偷报复晏无师的心，救晏无师并不是看好他，而是认为晏无师对太平盛世有用。
晏无师也慢慢明白了，世上恩将仇报的千千万，但沈峤永远是沈峤，愿舍己为人，不求回报。最后冷心冷血、自私无情、阴狠毒辣的晏无师决定自己引开追捕的高手，护住了受伤的沈峤。一报还一报，恩怨早已在你救我，我救你中数不清了。
三、两人联手，山河无恙
游走江湖一遭，沈峤从避世而居的态度慢慢转变为拯救苍生，心境有所不同，修为也比以前大大提高，江湖上鲜有对手。晏无师也因沈峤改变了曾经的态度，两人相互影响，联手为了共同的目标努力。最后晏无师为了沈峤挑战突厥第一高手，最终险胜，只是受了不小的伤。
沈峤武功比以前还要高，也重回了玄都教，山河统一，也没有突厥再来进犯中原，盛世如沈峤所愿。
千秋主要讲述了天下第一道门玄都山掌教沈峤为赴二十年之约,与突厥人昆邪在半步峰约战之际却不料遭同门师弟下毒陷害,与昆邪的战斗中因毒性发作而落败被打下山崖。
而后被魔门浣月宗宗主晏无师所救后却因为中毒重伤而眼盲,失去记忆、武功尽失、身败名裂。
被本性凉薄工于心计的晏无师利用后被卷入江湖漩涡,看尽世间冷暖,尝遍人情凉薄,纵使千帆过尽,仍初心不改,匡扶正义,坚守道心。
最后也学会了入世、处世,领悟平天下的大道,融会朱阳策精髓,创出独门剑法,步入武学巅峰,弘扬大道,而后相处的过程中晏无师也被他真君子的性情所打动,与他一起扶持明君统一天下的故事。
