从咖啡果实到咖啡豆的加工方法大致可归类为干法加工和湿法加工。
干法加工：就是将咖啡果实利用阳光和通风等自然条件以干燥脱水，再把干燥的咖啡果实放入脱壳去果肉、果皮和银皮。这种方法是最经济传统的加工方法，采用这种方法处理的咖啡豆能长久地保持香味，但同时也会带有一定的环境气味。目前非洲及亚洲国家许多地区多采用此种方法，不过随着科技的进步，很多地方已经开始使用烘干机烘干咖啡果实。
湿法加工：又叫水洗法加工，采用浸泡方式筛选咖啡果实，再将筛选后的果实通过发酵、挤压等方法去除果皮、果肉和银皮表面粘滑的果浆，加工后的咖啡豆会保留表面的银皮进行存储，这种状态下的咖啡豆称为“羊皮纸咖啡豆”(Parchment Coffee)，一直要等到出口前才用脱皮机脱去已经干燥的银皮。湿法加工最大的优点是咖啡豆外观品质优良，原味保持良好：缺点是加工成本较高，需大量的水。一般用于优质咖啡豆的加工。
二、烘焙
咖啡豆烘焙就是将生豆利用特定的设备，经过高温方式将其中的淀粉转化为糖和酸性物质的过程，在这个过程中，纤维素等物质会不同程度的炭化，水分和二氧化碳会挥发掉，而蛋白质会转化成酶，和脂肪的剩余物质结合在一起，在咖啡表面形成油膜层，咖啡豆本身也会通过烘焙而膨胀，内部产生孔隙。经过烘焙后的咖啡豆能产生特殊的香味和不同的风味，才能用于冲泡咖啡。
咖啡豆烘焙是一项繁杂的加工工艺，具相当的专业性，想制作出可口的咖啡豆，需要有完善的设备和较高的咖啡烘焙技术，所以，除非是为了满足个人乐趣，一般不适合在家庭中进行。
随着烘焙火力的大小，时间的长短，咖啡豆会呈不同深浅和味觉的变化。不同特点的咖啡豆，不同的饮用方式决定了咖啡豆烘焙度的深浅。总体来说，烘焙度浅，咖啡豆颜色会呈浅褐色，酸味强;烘焙度深，色调较深，苦味加强。
水洗式：
将收成的果实放入流动的水槽，除去浮在水面的果实之后，用果肉去除机剥除外皮和果肉。再放入水槽，将浮出的果肉去除。之后，移入发酵槽，浸泡半天至一天，再将发酵的咖啡豆表面上的胶质溶掉。
用水洗过后，晒干数日后以机器干燥之，最后用脱壳机将内果皮去除，即成为可作为商品的生咖啡豆。用这种方式，比干燥式的咖啡豆色泽完美，且杂质也较少。哥伦比亚、墨西哥、危地马拉等国家70%左右的咖啡都采用此方法。
