两者只有一个区别，仅在于签注有效期不同：一年往返一次的签注有效期为一年；三个月往返一次的签注有效期为三个月。三个月一次，就是该签注3个月内可以去一次；而一年一次就是签注1年内可以去一次。如需在有效期内多次往返，可根据签注种类申请办理三个月多次有效、一年多次有效。
港澳通行证三月一次和一年一次的区别在于签注的有效期不同。三月一次的签注有效期为三个月，而一年一次的签注有效期为一年。如果在有效期内没有使用完签注，三月一次的签注过期后需要重新续签，而一年一次的签注可以在一年内往返多次香港或澳门。但是，一年一次并不是表示只能去一次，而是指该签注的有效期为一年，在一年内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。
