名侦探柯南的大结局有多个版本，其中一个比较受欢迎的版本是柯南成功挖出了黑衣组织，并在没有人牺牲的情况下将黑衣组织的人全部抓住。柯南最后也得到了解药，恢复了原来的样子，与青梅竹马的小兰在一起生活。
然而，另一个版本则是灰原为了保护柯南最终牺牲了。在这个版本中，随着柯南深入调查黑衣组织，他的身份被曝光，引来了黑衣组织的追杀。尽管柯南及时通知了FBI和公安的人前来救援，但灰原为了保护柯南的安全，最终不幸死亡。
这些结局版本都是粉丝们的猜测和推测，因为名侦探柯南的官方结局尚未公布。不过，无论结局如何，柯南的智慧、勇气和正义感都将永远留在观众的心中。
