南京农业大学共设有64个本科专业
学校设有30个硕士授权一级学科、20种专业学位授予权、17个博士授权一级学科和15个博士后流动站。
学校拥有一级学科国家重点学科4个，二级学科国家重点学科3个，国家重点培育学科1个。在第四轮全国一级学科评估中，作物学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理4个学科获评A+，公共管理、食品科学与工程、园艺学3个学科获评A类。有8个学科进入江苏高校优势学科建设工程。
农业科学、植物与动物科学、环境生态学、生物与生物化学、工程学、微生物学、分子生物与遗传学、化学等8个学科领域进入ESI学科排名全球前1%，其中农业科学、植物与动物科学等2个学科进入前1‰，跻身世界顶尖学科行列。
南京农业大学有农学、种子科学与工程、智慧农业、植物保护、农业资源与环境、环境工程、环境科学、生态学、中药学、风景园林、园艺、园林、设施农业科学与工程等专业，以下是具体名单一览表，供大家参考，由于专业设置可能会变动，正式填报时需要以学校最新公布的数据为准。
