区别是学历层次不同。
本三学制四年，毕业授予大学本科文凭，如果符合学位授予条件，还可以获得学士学位。大专学制三年，毕业授予大学专科学历。
本三和大专主要有以下四方面的不同。
1、分数线不同。三本大学和大专最大的区别在于分数线不同，录取批次也不同。三本大学录取分数线在国家本科线以上，为第三批次;专科录取分数线在国家本科线以下。
2、学历不同。三本属于本科学历，毕业颁发毕业证书、授予学士学位;而专科则是专科学历，没有学位，只颁发毕业证。留学、升学考研或报考国家公职人员本科更具有优势。
3、费用不同。三本因为是民办的大学院校，因国家不拨教育专款，由民间自筹资金，收费较高，一般学费一年在12000-20000之间;公办大专由国家专项拨款，学费一年在4000-6000左右。
4、接受教育的内容和培养方向不同。三本同一本、二本的本科学校一样，教学内容注重本专业的理论性、系统性、全面性，侧重培养理论、科学研究人才;大专的教学内容注重本专业的基础性、专业实用性，侧重于培养技术型人才。
