矩阵式组织结构的优点：团队的工作目标与任务比较明确，有专人负责项目工作。团队成员无后顾之忧。项目工作结束时，不必为将来的工作分心。各职能部门可根据自己部门的资源与任务情况来调整、安排资源力量，提高资源利用率。提高了工作效率与反应速度，相对职能式结构来说，减少了工作层次与决策环节。相对项目式组织结构来说，可在一定程度上避免资源的囤积与浪费。
矩阵式组织结构的缺点：项目管理权力平衡困难。矩阵式组织结构中项目管理的权力需要在项目经理与职能部门之间平衡，这种平衡在实际工作中是不易实现的。信息回路比较复杂。在这种模式下，信息回路比较多，既要在项目团队中进行，还要在相应的部门中进行，必要时在部门之间还要进行，所以，易出现交流、沟通不够的问题。
