一、科属区别
1、海椒：茄科、辣椒属一年或多年生草本植物。
2、花椒：芸香科、花椒树落叶小乔木。
二、形态特征区别
1、海椒：植株高约40-80厘米，花为灰紫色，花冠白色，果实通常呈圆锥形或长圆形，顶端渐尖且常弯曲，未成熟时绿色，成熟后成红色、橙色或紫红色，味辣。花果期为5-11月。
2、花椒：植株高约7米，花为黄绿色，果实紫红色，单个分果瓣径4-5毫米，散生微凸起的油点，顶端有甚短的芒尖或无。4-5月开花，8-9月或10月结果。
三、味道区别
1、海椒：味道辣。
2、花椒：味道麻。
四、作用区别
1、海椒：重要的蔬菜和调味品，种子油可食用。
2、花椒：果皮是香精和香料的原料，种子是优良的木本油料，油饼可用作肥料或饲料，叶可代果做调料、食用或制作椒茶。
