微波炉对人体有害的说法，是没有科学依据的。
因为微波是一种辐射，所以许多人自然而然地认为它会致癌。但其实，微波是一种电磁波，跟收音机、电报所用的电波、红外线，以及可见光本质上是同样的东西，它们的差别只在于频率的不同。微波的频率比电波高，比红外线和可见光低。那么，电波和可见光不会致癌，频率介于它们之间的微波自然也不会致癌。
说微波是一种“辐射”，只是指微波的能量可以发射出去，这跟X光以及放射性同位素产生的辐射是不一样的。X光虽然也是电磁波，但是其频率比微波高得太多，因而能量也高，而且，放射性同位素在衰变过程中会放射出粒子，致使生物体癌变。
微波不会对人致癌，也不会让食物产生致癌物质。甚至，它还有助于避免致癌物的产生。对于鱼、肉等食物来说，传统加热尤其是烧、烤、炸等方式容易导致肉变焦，从而产生一些致癌物。2004年发表的一篇科学综述介绍了这类致癌物的产生以及致癌性，最后指出：用微波炉加热可以有效降低这类致癌物的产生。
微波炉使用中的另一个安全疑虑是塑料容器释放的有害物质。的确，有些塑料在受热的时候可能会释放出一些有害的成分来。FDA测定了各种塑料容器在正常微波炉加热中可能释放到食物中的有害物质的量，要求这个量低于动物实验确定的有害剂量的百分之一甚至千分之一，才可以标注为“可微波加热”。所以，那些合格的“可微波加热”的塑料容器，是相当安全的。当然，如果还是不放心，或者不相信厂家的标注名副其实，使用陶瓷或者玻璃容器也就心安了。
不过，微波炉加热并不适用于所有的食物。它的优势在于很快地把食物加热，所以擅长的是把已经作熟的食物很方便地再次变热。这样的加热一般不足以杀死细菌，对于保存时间过长有可能变坏的食物来说，微波炉加热就不能保障安全了。
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