1、性质不同，水晶是单晶体，而玛瑙则是多晶结合体;
2、透明度不同，水晶透明度高，而玛瑙是半透明或不透明的;
3、内含物不同，玛瑙带有瑕疵和杂质，而水晶没有瑕疵和杂质。
玛瑙和水晶的主要化学成分都是二氧化硅。水晶是一种单晶体的宝石，一块水晶就是一个单一的晶体，由二氧化硅组成；玛瑙则属于多晶质集合体宝石，如果把玛瑙放到显微镜下你就会发现它实际上是由无数的二氧化硅类晶体组成的，你也可以想象成玛瑙是无数细小的水晶组成的，所以玛瑙往往是半透明的，为水晶一般都是透明的。由于化学成分相同，水晶和玛瑙往往会以共生关系出现。
