1、性质不同：玛瑙和水晶的主要成分都是二氧化硅组成的，但是这两者的性质是不相同的，一般情况下水晶是单晶体，而玛瑙则是多晶结合体，放在显微镜下观察，玛瑙由无数个微小的二氧化硅的晶体组成的。
2、透明度不同：玛瑙与水晶最大的区别之一，就是这两者的透明度有着很大的区别，而水晶一般都是以透明度高而出名，所以看起来比较通透，而玛瑙以半透民或不透明为主。
3、内含物不同：玛瑙是天然形成的玉髓类矿物，所以在内部多少带有瑕疵和杂质，在品质好的玛瑙的内部有少许的晶莹剔透的内含物，而大多数水晶内部则是没有瑕疵和杂质，并且纯净度高。
