根据记载在公元前4000年亚马逊河盆地已经生长有野生的可可树了。最早使用可可豆的人或许就是这些用可可豆制成饮品的雅马人了。而这里的天然热带雨林气候也给这里的可可树造就了巨大的树荫以防止可可树受到阳光直射以及巨大的湿差变化的影响。可可树正是适合温度在20至30度之间的热带雨林中生长，并且理想的地方在海拔高度400米以上。
可可最早使用是在墨西哥阿斯帝卡王朝的最后一任皇帝孟特儒，将可可豆利用石器杵与钵，研磨成粉状冲泡水直接饮用，当成宫中饮品。那个时代巧克力价格并不便宜，只有有钱的家庭或王室才有享用机会，流行的普遍性并不高。到1505年哥伦布发现新大陆时，当时就有接触到可可豆，虽有经当地提供试喝，但因为实在太苦很难下咽，因而与可可豆无缘只是擦身而过，并未取回引进。
阿兹特克王国兴起之后,对于可可豆的应用与发展才真正开始。在阿兹特克王朝时，可可豆的价值极高，被当时社会所重视，甚至于曾经有一度还被拿来当作钱币使用，作为人民金钱交流的一种方式。
当时西班牙探险家柯特兹相当好奇，于1520年正式将可可豆引进给当时在位国王，并将当地情况告知国王，命当时皇宫部属，下去研磨可可豆来饮用，当国王喝完可可糊后，觉得精神百倍，做起事来精神特别好，因此立刻传令下去，可可豆成为宫中御品，不得对外相传，使得可可豆在西班牙王朝中，封闭100多年。
后来因为与临近国家有了姻亲结合，才将可可豆于1606年传入意大利，从此打开可可豆门户，在17世纪中荷兰与法国，更是大量使用，当时可可豆已变成金钱代表，普遍的被接受，同时也被当成期货再市场上操作买卖。
随着文化交流，可可豆的魅力飘进了英国市场，而英国试着将糖加入巧克力中，变成比以前更好喝又好吃的全新巧克力，因此造成大量使用，并且供不应求，此时更设置第一座商业化巧克力制造工厂，制造出今日市场上黑色巧克力产品诞生。也陆续推出各种不同可可脂含量产品。18世纪在瑞士，有一位Amonr将牛奶加入巧克力中饮用，发现另一种新的风味，因此瑞士成为第一个制造牛奶巧克力的的国家。
云南可可豆的种植历史可追溯到1892年，一位法国传教士从境外将可可种带进云南，在一个叫做朱苦拉的地方成功种植了第一株可可树。
