1、形式不同。公司是适应市场经济社会化大生产的需要而形成的一种企业组织形式。单位是指在机关、团体、法人、企业等非自然人的实体或其下属部门工作的地方，也指工薪阶层上班的地方。单位是中国人的说法。
2、涵盖内容不同。公司就是指的注册为公司的企业，而单位包括的意思要大的多。单位又分为：政府单位、事业单位、企业单位三类。 企业单位又分：国有、民营、私营、股份制、外资、合资等。
3、管理主体和管理方式不同。对事业单位的管理，主要是由政府主管部门负责的。事业单位往往有其隶属的政府主管部门。政府主管部门主要是依靠行政管理的法规、规章、条例、命令和政策对事业单位进行领导和管理。
