酱油烧开无毒。酱油在高温下煮久了不会产生有毒物质，但是会破坏酱油中含有的氨基酸。制作菜肴时最好在出锅前加入酱油，略炒煮后即出锅，因为酱油中含有丰富的氨基酸，这样可以避免锅内的高温破坏氨基酸，使营养价值受到破坏，而且酱油中的糖分也不会焦化变酸。
一般认为，酱油的主要原料是大豆，大豆及其制品因富含硒等矿物质而有防癌的效果。但值得注意的是，酱油在生产、贮存、运输、销售的过程中，常因卫生条件不良而受污染，甚至带有引发肠道传染病的致病菌，散装酱油的问题会更明显。
实验表明，伤寒杆菌可以在酱油中存活两天，嗜盐菌可以在酱油中长期生存。在混浊、有沉淀、有杂质的酱油中，细菌数会高于标准百倍以上，这样的酱油如果不加热消毒就直接食用，就有可能致病。
