在现代飞机上，厕所的粪便处理主要有两种方式，一种是使用污水处理系统进行处理，另一种则是采用真空吸排系统。
1. 污水处理系统：飞机上的厕所里装有污水箱和废水储存设备。航班结束后，地勤人员会将储存的废水从飞机上抽出，并进行处理。处理过程中，先通过过滤、沉淀等方式去除废水中的固体物质，然后再通过搅拌、氧化等方法，将污染物转化为无害物质，最后再通过消毒杀菌等步骤，确保处理后的污水符合当地排放标准，可以安全地排放。
2. 真空吸排系统：该系统通过真空泵将原本处于压力较低的厕所空间内的废物和尿液、纸巾等杂质污物，吸入飞机的管道中。吸走的废物经过密闭的管道输送到飞机机舱底部的收集和储存罐中，航班结束后，地勤人员将它们清理并运往处理场所进行处理或直接丢弃。
在民用航空飞机上，厕所内的粪便和尿液会被储存到特殊的废物箱中。这些废物箱通常位于飞机的尾部，并与厕所之间通过管道相连。废物箱具有密封性能，以防止异味和细菌的散播。
一旦废物箱装满了，地勤人员会在飞机停靠时利用专门的车辆将其移除。废物箱中的固体废物会被装入专门的集装箱中运输到专门的处理厂进行处理。在处理过程中，废物通常会被暴露在高温下，以杀灭细菌和病毒，并将其转化为肥料或能源。
在一些航空公司和机场，还使用了一些新的技术，例如高温消毒、紫外线消毒等，来处理厕所中的粪便和尿液，以保证航班的环境卫生和安全。
