小鸦鹃有超过100个品种，每个品种在体型、颜色、声音和栖息地等方面都有所区别。一些常见的小鸦鹃品种包括针叶林小鸦鹃、草原小鸦鹃、亚马逊小鸦鹃等。每个品种都有其特有的特征和习性。
小鸦鹃有四个亚种：
小鸦鹃指名亚种（学名：Centropus bengalensis bengalensis）
小鸦鹃华东亚种（学名：Centropus bengalensis gigas）
小鸦鹃海南亚种（学名：Centropus bengalensis intermedius）
小鸦鹃云南亚种（学名：Centropus bengalensis saturatus）
