亚马逊河中游流经秘鲁、哥伦比亚、巴西、全长约为2200千米。在巴西北部,亚马逊河水深45米,河宽3000米,流速缓慢;河中岛洲错列、河道呈网状分布,两岸河漫滩宽30~100千米,地势低下,湖沿密布,排水不畅;河流两侧支流众多,都发源于安第斯山东坡,呈羽状分布。至中游末端,河宽至11千米,河深99米。
游长达1600千米,时而水深河宽,两岸阶地分明,地势地低平,河漫滩上水网如织,湖泊星罗棋布,时而水面紧束,水流加快。入海河口宽达330千米,大西洋海潮可溯河直上,最远可深入1600千米。亚马逊河水系跨赤道南北,终年高温多雨,物种丰富,淡水鱼类多达2000余种。还有海牛、淡水豚、鳄、巨型水蛇等水生动物。流域内大部分地区覆盖着稠密的热带雨林,植物种类繁多,矿产资源丰富。