1、损坏屋顶结构
太阳能光伏发电依靠，太阳能电池板内部半导体产生的伏特效应。若屋顶的结构在设计之初，并未做加固处理。由于光伏发电设备本身很重，有可能会破坏屋顶结构，尤其是老房子的话，很有可能会损坏屋顶。
2、破坏楼顶防水层
安装光伏发电系统的支架，需先在屋顶上钻孔，钻孔后会破坏房屋原本的防水层，如果没有重新做防水层的话，下雨就会漏水，由于螺丝与孔间有间隙，防水的工艺要求很高，若太厚会影响安装。太薄又没有效果。第二次防水的效果影响远远不如第一次，会增加漏水的可能性。
3、光污染问题
若安装光伏发电设备附近，有比较高的楼房，很有可能反射一部分的太阳光到附近建筑物内部，给室内环境造成光污染，而相关研究表明，过度光照会导致眼睛的疾病，甚至给人的情绪产生焦虑、疲劳、注意力下降的问题。
