1、加工工艺的不同
巴氏杀菌奶是指使用63℃/30 min或72℃/15 min、89℃/1s(企业现多采用85℃/4 s)和9O℃/0.5s等低温杀菌方法进行处理所得的乳制品。这种牛奶处理方法比较温和，能杀灭牛奶中的致病菌，保持牛奶原有的风味。
超高温灭菌乳简称UHT乳，欧盟关于UHT产品的定义是物料在连续流动的状态下，经135℃ 以上不少于1 S的超高温瞬时灭菌，以完全破坏其中可以生长的微生物和芽孢，
然后在无菌状态下包装于微量透气的容器中，最大限度地减少产品在物理、化学及感官上的变化，这样生产出来的乳产品称为UHT乳。
2、营养成分破坏程度不同
牛乳中含有丰富的脂肪、蛋白质、糖类、维生素及微量元素等，这些营养成分随着热处理的进行会发生相应的变化。通常而言，热处理强度越大，营养成分损失越多。
3、对原料奶细菌数量要求不同
通常情况下，巴氏杀菌奶要求原料奶的细菌总数比UHT乳要低，因为两者工艺不同。一方面巴氏杀菌奶的灭菌效率低于高温灭菌奶，所以对细菌总数要求更严一些。
两者的主要区别在于巴氏杀菌是目前鲜牛奶加工较为先进的方法，它既能保鲜奶中的营养成分，有能杀死牛奶中的有害菌，使加工过的牛奶鲜美纯正;而超高温杀菌虽然也能杀死牛奶中的有害菌，但与此同时也破坏了牛奶中的营养成分，其营养成分也就不及鲜牛奶。
