（一）办公室。负责文秘、机要、保密、档案、政务信息、政务公开、督查督办、目标绩效管理等工作；牵头办理人大代表建议、政协委员提案；组织起草局重要报告、综合性文件；承担有关重要会议的组织工作；指导交通运输行业新闻宣传工作和信息化建设工作；负责处理群众来信来访，协调处理群体性上访事件，指导协调交通运输行业信访维稳工作。
（二）政策法规科(行政审批科)。组织开展交通运输行业重大政策研究，指导交通运输行业体制改革工作；负责交通运输系统推进依法行政工作的组织协调和督促指导；承担行政执法监督、行政复议、行政应诉工作和规范性文件审核备案工作；指导交通运输法制宣传教育工作；管理交通运输执法证件和装备；承担局机关行政审批、行政许可工作，管理和指导局直属单位行政审批、行政许可工作；指导交通运输行业行风建设和监督工作。
（三）规划统计科。组织编制综合运输体系规划，拟订公路和水路行业发展战略、投融资政策，组织拟订公路、水路和运输枢纽等行业发展规划、中长期规划、年度计划并监督实施；负责交通大中型和重点项目建设的可行性研究和审查、立项工作和区域合作；参与拟订物流业发展战略和规划；承担公路、水路重点建设项目的前期工作和后期评价工作，承担交通建设项目审查工作；承担公路、桥梁、隧道收取通行费、站卡设置的协调和管理工作以及经营权转让的行业管理工作；承担公路、水路（第三产业）统计及预测工作；负责交通运输行业招商引资工作，指导交通运输行业特许经营管理工作；承担交通扶贫管理工作。
（四）建设管理科。贯彻落实交通运输行业工程建设政策、制度和技术标准，监督管理公路、水路建设项目实施，维护公路、水路建设市场秩序； 承担公路、水路建设从业单位和从业人员的信用评价和资质管理工作；承担交通建设工程项目招标投标活动的监督管理工作；监督管理公路、水路重点建设项目的基建程序、工程进度、工程质量、工程造价、交竣工验收和廉政制度落实；指导公路、水路基础设施的管理、维护，负责交通环保和水土保持工作。
（五）安全监督科(应急办公室)。拟订公路、水路安全生产措施、办法和应急预案并监督实施； 指导安全生产和应急处置体系建设；承担有关道路、水路运输企业安全生产监管工作；组织实施安全管理目标责任考核、监督检查和宣传教育工作；依法组织或参与处理交通运输行业有关安全生产事故调查工作；指导公路、水路工程建设和维护的安全生产工作；指导交通系统“四城同创”工作，牵头组织交通系统城乡环境综合治理工作。
（六）行政财务科。负责值班、接待、安全保卫、综合治理等工作；负责机关行政后勤管理的协调工作；拟订交通运输行业财务会计管理制度，指导和监督交通运输行业会计核算、财务管理工作；承担局及直属单位财务收支预、决算管理工作；承担交通运输行业投融资工作；承担交通专项资金筹集、监督、管理和信贷有关工作；负责局机关的财务管理、政府采购管理工作；指导交通运输行业审计工作；负责局机关、局直属单位固有资产监管工作。
（七）人事科。指导交通运输行业精神文明建设和系统思想政治工作；负责局机关和直属单位机构编制、人事管理、人才队伍建设工作；制定行业职工教育、培训计划；管理职工教育培训工作；管理交通运输行业职业资格、专业技术职称评聘工作；负责局机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作；组织实施交通运输科技项目、科技信息交流工作，组织市交通系统科技成果鉴定评审和推广工作。
（八）机关党办。统筹负责机关和直属单位党建和群团工作。
（九）执法监督科。主要负责全市交通运输领域综合执法监督、指导，重大案件查处和跨区域执法的组织协调等工作。
