大鹿岛最初并不是海洋中的一座岛，而是陆地上的一座山。
在地球发育成型初期，大鹿岛同它现在隔海相望的大孤山一样，都是在地壳最初的“地质构造升降运动”——即所谓“造山运动”中形成的山。
后来，随着地球逐渐发育成熟，地质构造“进入全新世初期，地壳再次下降，发生海进”，上涨的海水淹没了大鹿岛和大孤山周围乃至更远的大片陆地，使原本是陆地上一座山的大鹿岛和大孤山一起都变成了海洋中的岛屿(确切地说，大鹿岛当时只是露出海面的一丛石礁)。大鹿岛西口山崖上的“壶状缝隙”(常年滴水不断，人称“滴水壶”，为大鹿岛一大自然景观)和大孤山南半山坡上的“圣水宫”滴水洞等，都是在当年的那场大规模、长时间的“海进”过程中，海水持续猛烈冲蚀山体留下的遗迹。
