19世纪自然科学的三大发现是细胞学说、进化论、能量守恒和转化规律，三大发现的重要哲学意义在于揭示了自然界发展的辩证性质。
1、细胞学说论证了整个生物界在结构上的统一性，以及在进化上的共同起源。细胞学说揭示了细胞的统一性。这一学说的建立推动了生物学的发展，并为辩证唯物论提供了重要的自然科学依据。
2、生物进化论的提出，是人类文明的发展跨出了一个新的里程碑。对宗教神权的统治者进行了挑战，是无神论与有神论的斗争。在世界各地都有神权的影子，他们的神权思想统治人类很久了，所以这是真理挑战，最终在人类历史上确认了人类的起源，并非神的制造。
3、能量守恒和转化定律的意义，首要的是建立物质运动变化过程中的某种物理量间的等量关系。对此，我们无需知道物质间实际的相互作用过程，也无需知道物质运动变化过程中的能量间的转化途径，只要建立和物质运动状态相对应的能量与物理量间的关系，就可以对物质运动变化过程中得初状态和终状态间建立一种等量关系，这样便于对物质运动变化过程的量求解。
