首先是办学收益方面的不同。
非营利性民办学校的举办者不得取得办学收益，学校的办学结余全部用于办学。也就是说，非营利性民办学校的收入只能用于自身的发展，不能用于分配、向外投资或用于投资人的经济回报。
营利性民办学校的举办者可以取得办学收益，学校的办学结余依照公司法等有关法律、行政法规的规定处理。也就是说营利性民办学校可以自主决定收入的使用方向，可以分配，也可以用于自身发展和向外投资。
除了办学收益，营利性机构和非营利性机构从税收政策、土地政策以及扶持政策上都会有一些对应的不同。但对大部分的教培机构投资人来说，大家更关注的是盈利性和非营利性在收费政策以及财产清偿（退出机制）上的不同。
其次是收费标准方面的不同。
非营利性民办学校收费的具体办法，由省、自治区、直辖市人民政府制定，也就是我们常说的政府指导价。
营利性民办学校的收费标准，实行市场调节，由学校自主决定。
再次是财产清偿方面的不同。
非营利性民办学校清算后的剩余财产继续用于其他非营利性学校办学；营利性民办学校清算后的剩余财产，依照公司法的有关规定处理。
