大蛇丸死过两次，分别是第334话鹰之瞳和第358话终焉。
不尸转生的三年期限结束后，连兜的药也救不了他，大蛇丸认为是时候利用佐助的身体进行灵界转生。另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，没有什么利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。
大蛇丸也不甘示弱，使用白蛇使役术将自己变为体型庞大的巨蛇，威力极为强大。大蛇丸打算通过此术来占据佐助的身体，结果因身体极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助吸收，灵魂与力量被完全压制。
之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出大蛇丸，他重见天日后本欲与鼬一较高下，结果被自己苦心寻找的十拳剑封印，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。
