多年以来，由于化学肥料在农业生产中的大量施用，不重视农家肥和有机肥的投入，已经严重破坏了土壤的结构，造成减产减收现象时有发生。关注三农问题，提倡推广微生物菌肥菌剂在生产中的广泛应用，也将成为肥料施用的重大变革。
微生物菌肥与菌剂是两种不同的肥料，有其共性和各自独特性。微生物菌剂里面是单纯的活性菌，没有有机质，蛋白，腐殖酸等其他物质。其有效活性菌数含量大于或等于50亿每克，远远高于微生物肥料的2000万每克。两种肥料都能提供植物生长的营养，提高产量，改善品质。在使用时，与有机肥混合施用可以达到相辅相成的效果。有机肥也可以作为菌群依附的载体和温床，利于在土壤中 快速存活和扩展，从而发挥作用。实际应用中要注意以下事项。
1，注意土壤的温度湿度对肥料的影响。土壤温度要适宜，地温太高或太低都会影响菌群的存活繁衍，降低施用效果。一般气温维持在10-32度之间是最利于菌群成长的。土壤太干时不利于菌群的存活，湿度较大时，可保证和加速活性菌的繁殖扩展。
2，一般不与杀菌剂混合施用，尤其不能与含有重金属离子的杀菌剂混用，以免反而影响活性菌的存活。
3，在与化学肥料混合使用时，应现用现拌，不要存放过久。尤其要避免与高氮型肥料混用，这也是实际应用过程中农户反馈过来的信息。
4，菌肥菌剂都是有保质期的，一般都要求在12-18个月，时间过长会造成活性菌减少，效果大打折扣，甚至于失去作用。同时注意存放地的温度，不要放在气温过高过低的地方。
上面这几点只是最容易忽略的部分，至于其他有关注意事项，还有待于在生产过程中发现总结完善。
