1、属类不同
高等专科学校：经国家教育部批准设立，进行专科教育的普通高等学校。
职业技术学院：中国高等院校的一级学院，属高职院校，类似高等专科学校。
2、分类不同
高等专科学校：根据教育部相关规定，师范、医学、公安类的专科层次全日制普通高等学校应规范校名后缀为“高等专科学校”，而非师范、非医学、非公安类的专科层次全日制普通高等学校则应逐步规范校名后缀为职业技术学院或“职业学院”。
职业技术学院：高等职业教育采取多种形式、多种机制、多种模式的原则办学。现阶段，举办高等职业教育的学校有：职业大学、职业技术学院、职业学院，高等专科学校，独立设置的成人高校、具有高等学历教育资格的民办高校等。
两类院校在学科建设的领域上有区别
根据教育部规定，师范类、医学类、公安类等专科层次的全日制高等院校校名的后缀应该用“高等专科学校”，其余的后缀应该用“职业技术学院”或者“职业学院”。
也就是说，如果考生想要选择师范、医学和公安等学科，就优先选择高等专科学校，如果想选择理工类等学科，就优先选择职业技术学院。
