为保证温水处理甘蔗种苗的发芽率，应仔细选择生长健壮的成熟中下部蔗茎，先去除蔗叶避免阻塞水流循环系统，再将甘蔗种苗砍成带有2—3个芽段，然后将砍好的甘蔗种苗装入网袋堆放于处理吊蓝内。在流动冷水中浸泡48h之后，采用甘蔗温水处理设备进行温水（50±0.20C）脱毒处理2h，计时从甘蔗种苗放入处理池开始。如果处理超过2小时意味着发芽率的降低，保持处理温度在（50±0.20C）对脱除病毒和发芽率都是必要的。
温水池
处理时首先将处理池水温加热到51—52℃，放入装有甘蔗种苗的吊蓝，使其完全浸没。装有甘蔗种苗的吊蓝放入处理池时，池内温度下降很快回到50℃。温度自控器实时监测池内温度并反馈信号给加热器以确保池温在50±0.2℃。巡检仪监测池内上、中、下部各层的温差。
甘蔗种苗从处理池吊出后，先喷洒冷水尽快冷至环境温度，再用50%多菌灵800倍液浸种5～10min以避免胚芽腐烂。处理后的甘蔗种苗芽胚质软应尽量避免触碰，甘蔗种苗冷却后可立即种植，也可摆放1-2d等胚芽硬化后种植。
